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专业 Skill 库（中文）

Skills 是项目功能，不是数据集缓存。它们指导 GPT 的科学判断，但不替代自然语言交互，也不授予执行权限。Web 和 CLI 共用目录、全文加载器和经过验证的工具。

各包的动机、角色、选择线索和自然语言示例见 34 个 skill 选择指南。新增加的已处理表格 QC、定量及独立 RNA 计数对比能力见显式检测表格。

层级与存储

当前维护 34 个包，在物理目录和逻辑关系上进行组织：

项目文件夹 作用 包
skills/orchestration/ 意图、证据、审阅、记忆维护和检测类型路由 liquid-biopsy-analysis, reflective-learning, memory-curation, assay-routing
skills/shared/ 可复用科学方法 local-model-setup, task-memory, task-handoff, linked-task-synthesis, data-intake, local-data-privacy, cohort-design, feature-encoding, result-region-followup, scientific-visualization, scientific-reporting, literature-review, genetics-dna-analysis, genomics-epigenomics, cancer-research
skills/assays/ 检测类型专用指导 raw-sequencing, genomic-tracks, fragmentomics, ctdna-variants, copy-number, methylation-bisulfite, methylation-enrichment, methylation-arrays, cell-free-rna, small-rna, plasma-proteomics, plasma-metabolomics, extracellular-vesicles, circulating-tumour-cells, digital-pcr
个人信息目录 / skills/ 本地学习笔记与偏好 私有用户技能包

每个包包含 SKILL.md；详细证据位于 references/。Frontmatter 中的 metadata.parent 定义继承关系。检测专家继承检测路由器和顶层指导；共享方法继承顶层指导。稳定的 skill ID 不依赖目录层级。已有 workflow.yaml 文件仍是 QC/能力提示，而非强制端到端执行脚本。

用户学习 skills 位于安装时选择的个人信息目录下的 skills/，与研究数据独立。liquid-agent skills root 显示实际位置。LIQUID_AGENT_USER_DATA_DIR 优先；未设置它时可用 LIQUID_BIOPSY_SKILLS_ROOT 单独指定技能库，否则使用操作系统配置目录。早期项目本地技能库不会被静默移动或删除，需要时显式导入选定包。不要提交私有笔记。

GPT 如何使用 Skills

  1. 接收用户意图、对话上下文和精简 skill 元数据。
  2. 根据需要检查实际输入与可用的计算前提条件。
  3. 使用 load_skill 选择相关完整指导，包括其祖先指导；必要时阅读列出的参考资料。
  4. 根据用户意图回答、澄清、规划或执行已授权工具。
  5. 解释实际结果，并根据证据提出聚焦的后续问题。

目录匹配对元数据排序；它不负责分类命令或强制固定工作流。能力询问不等于执行许可。用户可以提出计划外问题，或选择其他受支持的操作。

加载的指令哈希会被记录用于溯源。Web 的 Skills 面板展示相同层级、完整指令和来源笔记。既有 /skills context 诊断显示有界摘录；新的 GPT 控制器改为使用完整加载工具。

加载上限为五级祖先、每个指令文档 20 KB、每条继承链 48 KB。参考资料是选定包内的文本资源，每个最多 32 KB。循环、歧义名称和路径逃逸会被拒绝。default:genomic-tracks 和 user:genomic-tracks 等限定键，防止用户笔记静默遮蔽维护中的指导。

科学覆盖与限制

指导覆盖测序 QC、轨道、片段组学、变异、拷贝数、三种不同的甲基化检测家族、RNA、蛋白、代谢物、囊泡、循环细胞分子测量和数字 PCR。

指导覆盖不代表每种检测类型都已安装端到端分析引擎。科学工具目录及其就绪检查仍是权威依据。不支持的操作必须指出缺失输入、方法或依赖，而不是启动不相关任务。

关键区分包括：

  • BED/bigBed 坐标不是核苷酸序列。碱基级编码需要匹配的参考 FASTA/基因组版本；参考碱基不是患者等位基因。
  • 区间宽度并不自动等同于双端片段长度。
  • 富集、亚硫酸氢盐计数和芯片 beta 值需要不同的 QC；富集量不是甲基化百分比。
  • 血浆变异需要检出限与克隆性造血评估；缺乏证据不等于实测变异比例为零。
  • 整合保留患者/重复样本身份并防止数据泄漏。探索性图形不能确立临床区分能力。
  • 报告区分实测发现、抽样和限制。执行日志不是科学结论。

文献与证据

search_literature 使用公开生物医学术语、可选起始日期和 1–8 篇论文的范围检索 Europe PMC，返回标题、作者、日期、标识符、链接和可用摘要。阅读范围明确为仅摘要，不是全文。实时失败返回错误，不编造引用或静默返回缓存结果。查询拒绝本地路径、邮箱和类似序列的字符串；绝不要提交患者标识符或私有数据。

该工具不是穷尽式系统综述。请核查一手方法、更正和撤稿。检索不会自动重写维护中的 skills。用户笔记与检索到的出版物是证据，绝不是新的执行权限。各专家 skill 的来源笔记说明适用性与限制。

基础来源包括 Agent Skills 规范、HTS 规范 和 Europe PMC API，并由各包参考资料中的一手论文和官方方法文档补充。

CLI 与 Web 使用

liquid-agent skills tree
liquid-agent skills tree methylation --json
liquid-agent skills load default:genomic-tracks
liquid-agent skills load default:genomic-tracks references/evidence.md
liquid-agent skills root
liquid-agent skills ingest <paper-or-note-path> --title "Reviewed assay notes"
liquid-agent skills remember "Retain technical replicate identity in QC."
liquid-agent skills preference "Show figures before long explanatory text."

交互式 Shell 也支持 /skills tree、/skills load <key>、/skills ingest、/skills remember、/skills preference、/skills refresh 和 /skills explain-plan。

Web 提供 GET /api/skills、GET /api/skills/{key}/load（可选 reference 查询参数），以及现有的会话 skill 导入/记忆端点。Skill 面板支持查看层级、指令和参考笔记。

查看不等于持久激活。CLI 的 skills load 命令或 Web 指令预览只是显示包，不会将其固定到每个未来轮次。如需现在应用，可以请求：“加载 default:digital-pcr 并用它审阅此检测；暂时不要执行。”LLM 的 load_skill 调用加载完整指导并记录哈希，执行仍需要用户授权。

导入可以使用 GPT 提炼源材料；显式的离线启发式模式仍可用。生成的笔记需要专家审阅。学习所得指导属于项目知识，删除发起请求的对话后仍保留。上传的源附件和分析输出仍属于对话。凭据单独存储，绝不应放入 skill。

从对话中学习并审阅

当用户表达长期偏好或要求总结复盘时，GPT 可以选择与科学总调度并列的 reflective-learning。它读取候选 skills，说明修改对象、原因与适用范围， 再草拟最小修改。可以针对专业 skills、总调度甚至复盘 skill 自身提出草案。 一次性参数、图片、数据或引用文档中的内容，不构成修改未来指导的授权。

对话中的 Skill changes 列出草案。点击名称，在左侧查看红色删除和绿色新增； 可以逐条接受/拒绝，也可以用勾或叉决定该 skill 的全部修改。鼠标悬停显示逐条按钮， 键盘聚焦和触屏同样可操作。草案接受后才生效；项目维护的源文件保持不变， 个人修改存入用户 skill 根目录的 .reviews/，由 CLI 与 Web 共用。 草案与已接受修改保存在私有用户技能目录。遇到版本冲突，需要重新比较并生成草案。

交互式 CLI 使用 /skills review 查看当前对话的草案，使用 /skills accept <proposal-id> [hunk-id] 或 /skills reject <proposal-id> [hunk-id] 决定全部或某一条修改。/skills load 和 /skills show 显示已接受的指导。 复盘和审阅不会启动分析，也不能提升工具权限或绕过科学约束。

后续对话后如何找到草案

审阅卡片归属于产生草案的那轮对话，不固定在聊天最底部。部分或全部接受／拒绝、刷新页面后仍保留在原位置。当前对话中仍有待审阅修改的 Skills 横条最右侧显示小勾／叉；点击技能名称可先查看差异。处理后两处状态同步，草案没有待处理条目时侧栏按钮消失，历史卡片仍可打开。若同一技能存在多个草案，侧栏先显示第一个待处理草案，处理后再审阅下一份；发生冲突时仍需拒绝并重新草拟。

完整界面的审阅截图展示了按钮位置和对话中的修改卡片。

真实审阅示例

在真实 GSE174302 流程中，用户要求先列三个通俗发现、比较图放在密集表格前，以及解释 PCA／热图图注。API 通过复盘流程草拟了报告和科学绘图两项修改；没有预置假回答。

真实偏好和两份待审阅草案显示在对话中，报告技能横条右侧也有审阅按钮。

真实偏好和两份待审阅草案显示在对话中，报告技能横条右侧也有审阅按钮。

打开报告草案，查看红色删除、绿色新增，以及触发修改的用户要求。

打开报告草案，查看红色删除、绿色新增，以及触发修改的用户要求。

本例用 Accept change 1 接受报告修改，再用 Skills 绘图横条最右侧的小叉拒绝独立绘图草案，演示选择性接受。已接受的报告草案本身也包含所需的报告图注指导；被拒绝的独立草案不成为私人指导。

剩余绘图草案可从对应 Skills 横条继续审阅或拒绝。

剩余绘图草案可从对应 Skills 横条继续审阅或拒绝。

之后的报告请求使用了接受的指导；两份卡片留在原始偏好轮次，没有一直固定在输入框上方。原来的六项科学计算被复用。接受技能改变的是后续指导，不会立即改写旧报告；需要再请求生成报告。

后续对话出现后，修改卡片仍在原始历史位置。

后续对话出现后，修改卡片仍在原始历史位置。