交互式 Shell（中文）¶

使用以下命令启动 Shell：

liquid-agent cli

Shell 支持 assistant、blood 和 chat 模式。它可以从自然语言绑定数据集路径、扫描文件、生成可读计划、执行任务、从可安全处理的失败中恢复，并汇总输出。

Shell 是终端展示层，其下使用的 LangGraph 交互和分析运行时与 Web 客户端相同。自由形式的指令会发送到共享的意图路由器，而不是被压缩成固定的终端命令表。精确的斜杠命令仍作为确定性的直接操作入口保留。

在 CLI 中输入 wiki（或 /wiki），即可自动打开浏览器中的公开项目主页和 Docs，CLI 仍可继续使用。在终端中也可以运行 liquid-agent wiki、liquid-agt wiki 或 liq wiki。

第一条输入¶

I want to use this dataset folder: <dataset_or_subdir>

<dataset_or_subdir> 可以是绝对路径，也可以是相对于已配置数据根目录的数据集名称。助手会扫描文件夹并返回规划简报。如果接受计划或给出明确指令，它可以端到端运行可行的工作流。

如果所选文件夹包含多个可处理的液体活检数据集，Shell 会自动将它们视为同一联合任务中的独立数据源。也可以显式启动联合分析：

/use <dataset_a> <dataset_b>

管理当前数据源列表，而不触碰磁盘上的文件：

/sources
/sources add <dataset_c>
/sources remove <index|name|path>
/sources clear

多源模式下，助手先规划每个数据源专属的预处理和分析，然后在 assistant/joint_reports/ 下写入联合数据源清单和报告。

常见请求¶

Run the full analysis end to end.

Focus on cfDNA analysis first.

Inspect the raw signal before encoding.

Encode this blood-biopsy batch with the most stable default encoder.

Plot the encoded cfDNA samples and colour by the metadata column closest to HER2.

Use the metadata table if it has reliable labels; otherwise keep the plan unsupervised.

Explain what the last result means and where the outputs are stored.

What encoder models do you support?

What mature tools should I consider for fragmentomics, methylation, and CNV in this dataset?

能力与支持范围的问题会依据结构化项目事实进行核对。如果 LLM 的回答过于简略或不完整，Shell 会修正回答，或回退为包含具体功能模块、脚本、编码器或文档路径的确定性回答。

主要命令¶

/use <path>
/sources
/mode <assistant|blood|chat>
/plan
/autopilot
/run
/review
/methods
/metadata
/llm
/skills
/output
/help

/autopilot 运行闭环助手内核：运行时会写入带版本的 assistant/ledger/plan_*.json、run_*.json 和 result_evaluation_*.json 记录，随后在 assistant/reports/ 下写入审计式 Markdown 报告。编译后的分析图将对话状态检查点与这些科学审计文件分开保存，因此中断的运行可以复用已完成工作，而不会将部分执行的任务视为完成。

方法建议命令：

/methods fragmentomics CNV methylation
/methods check low-pass cfDNA WGS copy number
/methods run which tools should I use for cfMeDIP and fragmentomics?
/methods cfDNAPro FinaleToolkit LBFextract fragmentomics
/methods WisecondorX HMMcopy low-pass CNV
/methods FinaleMe cfTools cfSort methylation tissue of origin
/methods MethylBERT CelFEER UXM MethAtlas cfNOMe MetDecode methylation deconvolution
/methods CpGPT MethylGPT MethFormer methylation foundation model
/methods PureCN FACETS BayesCNV CopywriteR targeted ctDNA CNV
/methods cfDNAFE cfDNAanalyzer EMIT DeepFRAG fragmentomics

/methods run 在分析输出根目录下写入 JSON 和 Markdown 建议报告。当用户询问工具、算法、成熟的检测类型专用方法或研究/观察列表方法时，也可以通过自然语言进入同一路径。

外部运行环境命令：

/tools
/tools status purecn
/tools bootstrap
/tools bootstrap --execute
/tools install purecn
/tools install purecn --execute
/tools smoke purecn
/tools run cnvkit -- cnvkit.py --help

除非提供 --execute，否则 /tools bootstrap 和 /tools install 仅进行试运行。installed=True 表示运行环境可调用；ready=True 还表示真实输入文件、参考资源、模型检查点或 panel 资源已经配置。用户不需要手动激活隔离环境；Shell 通过 Liquid Agent 包装器调用它们。

对于 BED 类队列文件夹，自动运行接受普通 .bed 和 .bed.gz 文件。如果 metadata.csv 等用户元数据表包含 sample_id 和标签/状态列，助手可以用它进行分组汇总和着色可视化。如果序列编码需要尚未配置的 FASTA，运行会记录这一阻碍，并继续执行不依赖 FASTA 的下游统计与原始信号任务。

元数据命令：

/metadata
/metadata use <table> <sample_col> <label_col>
/metadata ignore
/metadata rescan

/metadata 显示检测到的元数据表、所选标签、类别计数、覆盖率、规划模式和后端。/metadata use ... 手动覆盖选择。/metadata ignore 将当前会话的下一份计划重新构建为无监督计划。

LLM 控制¶

OpenAI GPT 是默认在线后端，另提供可选的 Gemini 3.8 Flash。一个 OpenAI API key 可用于不同模型档位。

Gemini 使用 /llm key gemini、/llm use gemini 和 /llm save。只使用公开或不敏感的合成数据，并先检查 Google 免费层资格和地区条款，详见 Gemini 配置。

/llm models
/llm key
/llm use auto
/llm save

如需能力更强、成本更高的模型，使用 /llm use gpt-6-sol 或 /llm use gpt-6-astra，然后用 /llm save 持久保存选择。/llm delete openai 删除已保存的密钥，并禁用环境变量回退。/llm off 是显式的离线诊断模式，而非另一家提供商。切换 GPT 模型会刷新项目文档与 skill 上下文。OpenAI 失败时会返回错误，不会切换提供商或静默选择更昂贵的模型。参见 OpenAI 配置。

Skills¶

/skills list
/skills ingest <path_or_url>
/skills remember <professional observation>
/skills preference <personal workflow preference>
/skills refresh
/skills context <query>
/skills explain-plan

Skills 用于持久的专业知识、从论文提取的笔记、专家工作流观察、个人显示/工作流偏好，以及检查某个主题可用的专业上下文。

/skills explain-plan 显示哪些机器可读的 skill 工作流影响了当前计划，包括所需输出和质量检查。

退出行为¶

可使用斜杠命令：

/quit
/exit

也可使用自然语言退出意图：

bye bye
quit
exit
see you later

含义不明确的退出意图会在 Shell 退出前先要求确认。

链接任务与记忆¶

/conversations 列出任务 ID，/link <id> <id> [...] 开始综合对话，/memory 查看当前记忆和文件位置。详见链接任务与本地记忆。