面向真实研究场景的提问示例¶
问题最好说明科学目的、允许执行什么、在哪里停止。前七个场景来自真实 GSE174302 浏览器教程，可查看实际问题、API 回答和本地结果截图。后面的检测示例是需要按数据调整的提示模板，不代表本次文档更新执行了那些研究。
1. 初次接触数据：先检查，再规划¶
场景： 有两张循环 RNA 计数矩阵，想先知道可以研究什么。
我研究结直肠癌的循环 RNA。检查 GSE174302 队列与两张计数矩阵，解释分组和测量差异，提出分别质控、分别差异分析、比较结果、生成探索性报告的计划。使用合适技能，暂时不要执行。
检查： Sources 是否为目标队列，Plan 是否列出可运行步骤及前置条件。本次真实请求没有启动分析，先审阅再点 Run next step。完整截图。
2. 连续多步骤任务，但不重复已完成工作¶
场景： 第一项质控完成，准备授权剩余计算。
继续第二张矩阵的 QC，以及两种矩阵分别的 CRC 对健康差异分析。之后检查并执行表达一致性和差异效应一致性比较。保留不同计数定义及模型警告，生成探索性报告；复用已完成 QC，不要重复。
检查： 新计算应对应剩余步骤。本例累计六项科学运行，不是每问一句都重跑 QC。两种测量来自相同 73 个样本，不是独立验证。
3. 图上有异常：选择对应数据来问¶
场景： PCA 中几个点偏离主体。在 Results 拖动框选后提问：
检查这些 PCA 离群样本的源数据，是技术差异还是生物学差异？不要排除样本。
检查： 浮层是精确映射还是仅图片？本例选中六个样本，回答检查源值，但不能确认原因或据此排除样本。选区和回答截图。
4. 比较来自两张图的证据¶
场景： 想联系 PCA 与一块热图。分别框选，留空点 + 暂存，再统一提问：
比较 PCA 离群区域和热图区域，检查映射、单位、是否为同一批样本。分别汇总选中数据并生成简短报告，不要合并选区或重跑差异分析。
检查： 两张图片都应出现在用户消息中。本例热图映射到 165 个单元格，生成了本地选区表和报告，没有凭截图声称两者是同一批个体。完整实操。
5. 解释从别处得到的陌生图表¶
场景： 只有 PNG，没有源数据。用 + 上传，再问：
这两张图来自循环 RNA QC。我是初学者，PCA 和特征热图有什么区别？它们能证明可以诊断癌症吗？解释配色和仍缺少的信息。
检查： 应解释坐标、单位、证据缺口，不应编造对源数据的访问。本次在独立对话中实际进行了双图 API 提问；上传 PNG 不会重建 Results 的数据映射。上传与回答。
6. 学习偏好，但不要静默修改¶
场景： 希望以后报告采用一致格式。
以后循环 RNA 报告先列三个通俗发现，再放比较图、密集表格；图注说明 PCA 为探索性、热图颜色为相对 z-score。请记住，但先展示技能修改草案，不要直接应用。
检查： 阅读原因和红绿差异，只接受需要的内容。一次性指令不必成为永久偏好；本例产生两份草案，接受一份、拒绝一份。实际审阅截图。
7. 用保留结果核对、修订报告¶
场景： 报告已有，但呈现或测量名称需修改。
用接受的指导和已完成分析重新生成完整报告，包含两张比较图及模型警告、研究限制。不要重复矩阵计算。
如果标签不清楚，继续问：
核对每种输入定义对应的差异结果，按来源记录检查特征数和有限估计数；纠正互换的表标题，不要重算。
检查： 不只读回复，还要看实际表格。本次文档实操确实发现过测量标题互换，需要依据来源明确纠正。模型回合成功结束不能代替科学审阅。报告步骤。
可根据自己数据调整的其他任务¶
以下是意图模板，能否执行取决于输入、已安装工具、模型权重及研究设计。先检查，不要把建议当成已执行结果。
| 场景 | 可用提问 | 执行前检查 |
|---|---|---|
| 两个独立数据集 | “附加两个源，分别分析并提出合理比较，不要自动合并。” | 连接键、单位、队列和批次混杂。 |
| 标签缺失 | “只评估 QC，不做组间检验，说明还需哪些元数据。” | 不从简短样本编号猜结局。 |
| 配对／纵向数据 | “先核对患者和采样标识，说明现有工具是否支持重复测量设计。” | 独立样本检验可能不适合。 |
| cfDNA 覆盖轨道 | “检查轨道，执行可用数值汇总和可视化，说明缺少比对信息时的推断边界。” | 覆盖汇总不等于验证过的 CNV 调用。 |
| 特征编码 | “检查格式和本地编码器，评估准备工作；先不下载权重或启动编码。” | 输入、权重、资源与耗时。 |
| 已有特征 | “复用特征库检查离群点和二维投影，不要重新编码相同文件。” | 特征对应正确样本。 |
| 变异表 | “检查格式和过滤能力，汇总 VAF、复现频率，保留深度、胚系和 CHIP 限制。” | 深度、注释及匹配正常样本假设。 |
| 甲基化／CNV 矩阵 | “确认单位，规划 QC 和样本／区域图，不把信号矩阵当成诊断。” | 检测方法决定归一化和解释。 |
| 数字 PCR | “定量已接受的分区计数，给出不确定性，标记零阳性和饱和孔。” | 不代表已验证门控或检出限。 |
| 蛋白／EV 表 | “比较前先总结完整性、分布、缺失和单位限制。” | 缺失模式可能造成混杂。 |
| 方法／文献 | “检索适合的方法证据，区分论文结论和本地发现，仅引用实际读取来源。” | 联网检索不等于验证该队列。 |
| 中断恢复 | “总结已完成、失败和剩余内容，只基于保留结果继续尚未完成的授权工作。” | 取消不代表完成。 |
具体格式和能力见检测表格、cfDNA 分析、编码、能力矩阵。工作区图文教程提供完整示例。
交互入口速查¶
- Ask 解释所选结果；Use for next step 请求建议；Run next step 执行计划步骤。
- Guide 指导当前运行，Stop 请求取消，之后应阅读结束状态。
liquid-agent默认 Web；liquid-agent cli终端；liquid-agent wiki公开主页。- CLI 用
/image "/path/to/figure.png" 这是什么图？明确提交图片；密钥和技能审阅命令见 CLI 参考。